收容失效前[]
提到SCP–106第一次收容失效的文檔。
在遊戲事件發生之前，基金會的幾個站點和區域遭到襲擊，導致幾個Euclid和Keter級SCP被暫時轉移到一個未指定的站點，直到之前的設施修復完成。對該站點知之甚少，除了它以前被用作研究設施，無法處理它目前擁有的SCP數量之外。不久之後，機動特遣隊Epsilon-11（「九尾狐」）成立，以保護該設施並處理收容失效事件。[提到機動特遣隊的文檔]
在此之後的某個時間，梅納德博士和保安Skinner加入了這個未知的設施。他們偽裝成基金會成員，作為混沌分裂者特工進行秘密工作，以觸發收容失效。此時，梅納德博士和工程和技術服務部發起了一個名為模塊化設施項目的概念。該項目旨在重新設計設施的佈局和安保系統，以適應新轉移的SCP的工作量和收容室。在SCP - 收容失效中，可以發現多個可互動顯示器指出模塊化設施項目導致的問題和安全風險，這說明梅納德博士啟動該項目的假設是為了使站點更容易引發收容失效。[Hooper顯示器]
[辦公室顯示器]
在某天的9:00，保安Carey和保安Skinner開始早班監視SCP-106的收容室。在9:21時，Carey離開了收容室，去自助餐廳拿了咖啡。[事故報告SCP-106-0204]
Carey離開後，保安Skinner將SCP-106從收容中釋放出來。觸發了整個設施的警報，並將違規情況通知了安全主管富蘭克林。隨後Skinner給梅納德博士發了一條消息說「它出來了。」（指SCP-106）。然後他可能在工作人員處理違規行為時離開了設施。[梅納德博士的顯示器]
梅納德博士回答：「按計劃進行。」然後他前往重收容區，溜進了SCP-079收容室的控制室。讓SCP-079控制設施中的主要系統。當SCP-079向梅納德博士詢問原因時，他回答說：「你現在自由了。可以自由地報復那些囚禁你的人了。」隨後離開了收容室。[SCP-079控制室的顯示器]
SCP-106最終被收容協議重新收容，保安Carey因離開收容室而受到紀律處分。該設施隨後假定保安Skinner被SCP-106捕獲。
半小時後，研究員Ferguson注意到SCP-079收容室的防爆門出現故障。該設施假設由於SCP-106的破壞導致故障，因為它在收容失效期間穿過了SCP-079的房間。設施的工作人員並不知道實際上是SCP-079在阻止防爆門開啟。
收容失效[]
在SCP-106收容失效的同一天的晚些時候，對象D-9341和其他兩名D級人員離開了牢房以進行一項關於SCP-173的測試。
在前往收容室的路上，可以聽到一位科學家與其他人談論SCP-106收容失效事件。這位科學家提到從未聽說過保安Skinner，並提到L博士在突破後出現精神問題，使得其產生了幻聽。
D-9341隨後被帶到SCP-173的收容室，其他兩名D級人員正在那裏等候D-9341。隨着測試開始，遙控門禁系統和電力系統出現故障。不久之後，SCP-079觸發了一次全設施範圍的收容失效，導致數個Euclid和Keter級SCP收容失效。該設施隨即被封鎖，九尾狐隨後被派往該設施以重新收容逃跑的SCP，並處決他們遇到的D級人員。
一路上，玩家可以在梅納德博士的辦公室里發現一張紙條，上面寫着「你讓這一切如此簡單。干的漂亮，基金會」，其中的「它」指的是收容失效。SCP-106的腐蝕印記也可以在辦公室中找到。再加上在口袋空間中找到的一份顯示梅納德博士辦公室訪問密碼的文件，這證明他可能已被SCP-106捕獲。
L博士留下的幾份筆記證明他在收容失效後發瘋並多次遇到SCP-106，然後也被綁架。
結局[]
在結束界面使用的圖片。
目前，玩家可以到達的結局有4個。每個結局都會在結束界面上播放討論遊戲結束後發生的事件的人員之間的錄音或無線電通話內容。
大門A[]
如果D-9341在來到A門時沒有收容SCP-106，SCP-106將嘗試離開設施，但會被HID炮塔擊退。 在此期間，D-9341被迫走出口左側的樓梯，因為該區域周圍部署了數個MTF和阿帕奇，它們的注意力將被SCP-106分散至它撤退。下樓梯後，D-9341會找到一扇通往服務通道的門。 與此同時，數個MTF發現D-9341並追至通道。
穿過通道一半時，三名混沌分裂者特工在D-9341面前出現，告訴他知道的太多了，不能讓基金會帶走。 隨後通道扭曲，並在一組MTF進入後坍塌，把他們困在裏面。目前尚不清楚混沌分裂者計劃如何處置D-9341。
- 結局音頻
- 「長官，我們這裏有一個大問題。」
- 「請詳細說明。目標被抓到了嗎？」
- 「我不確定這裏發生了什麼。我們進入了舊的服務通道，它有點...對我們關閉了。現在我們被困在裏面了。現在我們被困在裏面了。桑德斯死了，目標失蹤了。」
- 「你是說隧道在你身上塌了？」
- 「不！它沒有倒塌。這似乎是一個異常事件。你自己來看看，順便派人把我們救出去！」
如果D-9341在到達A門前收容了SCP-106，那麼MTF將發現D-9341並命令他停下來，然後匯報他們發現了一個D級人員。在被MTF控制後，遊戲結束。
結束界面播放了一段測試日誌的錄音，其中一位科學家討論了D-9341，他提到了D-9341預測和克服了收容失效所產生的威脅的能力。日誌結尾處科學家提到正在考慮將D-9341分類為SCP。
- 結局音頻
- 「測試記錄 ███。對象 █-███。」
- 「對象表現出非凡的運氣和對最致命的情況的完全掌握，以及預測最不可預測的危險的能力，就像他曾經經歷過這些不可能的事情一樣。」
- 「需要進一步測試以確定該對象是否應歸類至SCP。」
大門B[]
進入B門後，廣播將宣佈SCP-682已衝出該設施的地下設施，將在90秒後引爆Alpha彈頭。
如果D-9341在到達B門前沒有關閉遠程引爆Alpha彈頭，則在倒計時結束時響起警報，彈頭爆炸產生的明光將覆蓋屏幕，D-9341死於爆炸。
結束畫面播放了直升機OH-6上一名特工的無線電語音，請求部署MTF部隊在地面偵察遺蹟。然而，一聲巨大的轟鳴聲傳來，信號被切斷，這證明核爆炸未能成功殺死SCP-682。
- 結局音頻
- 「CH-1至OH-6，你找到目標了嗎？完畢。」
- 「OH-6至CH-1，沒有目標的跡象。我認為我們應該派出MTF——[另一個聲音在喊「進來！」，接着是SCP-682的咆哮]」
- 「CH-1至OH-6，你能收到嗎？」
如果D-9341關閉了遠程引爆Alpha彈頭，核爆將不會發生，廣播命令所有MTF單位返回大門處理SCP-682。 廣播結束後，一個身份不明的MTF小組（可能是Cloud-9），或另一個阿帕奇直升機將找到並處決D-9341，並在遊戲結束時播放一個匯報一名D級人員已被處決的信息。
- 結局音頻
- 「報告，我們在B門外的走廊上發現了一名死亡的D級人員。他的胸部有多處槍傷，我猜他是在我們與SCP-682戰鬥時被打死的。」
- 「我想知道一個D級是怎麼跑過大門的。大門附近的所有攝像頭的錄像都交給我，看看誰在682試圖逃跑的那段時間待在那裏。」
- 「明白。」
目前尚不清楚任何結局之後會發生什麼，但從玩家死亡時聽到清理設施的人員的對話判斷，可以假設收容失效最終得到解決。
在A門的第二個結局中，可以假設科學家懷疑玩家擁有重生的能力。 這很可能會導致玩家劃入SCP，儘管不知道玩家是否會被收容，也不知道如何被收容。